In dem AVR GCC tutorium habe ich über das input Capturing gelesen mit
dem icp Pin. Leider ist aber mein timer 1 vergeben (wegen fast pwm mit
frei wählbarem toplevel). Was nun ? habe ich noch eine andere
möglichkeit?

Ich muss die länge des low bzw. high level bestimmen um dann zu
entscheiden ob es sich um ein sync, high oder low bit handelt. (um das
ganze zu erzeugen (senden) habe ich fast pwm benötigt.)

Was sendest Du denn mit PWM? PWM können übrigens auch die beiden anderen
Timer, natürlich nur 8 Bit. Input Capture hingegen kann nur Timer 1...

ein signal mit konstanter frequenz 1,2kHz (deshalb fast pwm mit frei
wählbarem toplevel hat nur timer 1). die dauer des lowlevel bestimmt ob
es sich um ein sync low oder high bit handelt (deshalb fast pwm da ich
bei jedem überlauf das OCR1 register verändere).
dieses Bussystem muss ich nun wieder einlesen

Bei 1,2 kHz sollte die Länge der Pegel evtl. noch über einen externen
Interrupt erfassbar sein. Musst dann eben im Interrupt Handler die
Zeiterfassung in Software unter Zuhilfenahme eines Timers machen...

Tja. Da hast du jetzt ein Problem :-)
Da wird dir wohl nichts anderes übrig bleiben, als einen
der beiden Bausteine in Software nachzubilden.
Such dir aus, was dir sympathischer ist, entweder den
ICP mit einem anderen Timer (könnte man zb mit einem Pin Change
Interrupt lösen) oder die PWM in Software nachbilden.

Eine Einflussgröße wird sicher auch sein, welche Genauigkeits-
margen du hast. Wenn das Signal ultrastabil sein muss, würde
ich das Capturing in Software machen Da scheint es ja nur
um die Unterscheidung 'über/unter-Grenzwert zur Erkennung einer
0 oder 1 zu gehen.