Hallo,
ich weiß, die Frage wurde sicherlich schon mehrfach durchgekaut, in der 
Suche habe ich aber nichts gefunden.

Nämlich: Wie verwende ich die OCRxn Register im Atmega644?
Ich möchte 2 Timer - TCNT0 und TCNT2 laufen lassen und befülle die OCRxn 
Register dementsprechend mit Werten zwischen 0 und 255.
Dann Frage ich den Interruptvektor TIMER0_COMPA_vect ab. Also ob 
Register OCRxn und TCNTn Register gleich sind.

Ein Interrupt wird auf jeden Fall erzeugt - von beiden Vektoren. 
Allerdings scheint die Zeitspanne dazwischen unabhängig vom OCRxn 
Register zu sein, sprich ich kann reinschreiben was ich will, der 
Zeitabstand zwischen den Interrupts ist immer der selbe.

Verwenden will ich die beiden Interrupts um 2 Schrittmotoren mit einem 
Takt zu versorgen.

Im Datenblatt steht dass man für das Einschalten des CTC-Modus (in 
diesem wird dann OCRxn)verwendet nur die WGM Bits setzen muss. Oder habe 
ich da was wichtiges Überlesen? Weil grundsätzlich funktionieren die 
Interrupts ja, nur zeitlicher Unterschied ist nicht :-/

Hier noch ein paar Ausschnitte aus dem Programm:

Schreiben des Registers (z.B):

OCR2A |= 20; //Wert bei dem Interrupt erzeugt werden soll

TCCR2A |= (1<<2); //Setzen des WGM1 Bits (laut Datenblatt) für CTC-Modus
TIMSK2 |= (1<<OCIE2A); //Erlauben von Interrupts durch OCRxn Register

ISR (TIMER2_COMPA_vect)  //Interruptvektor
{ }

Prozessortakt läuft übrigens auf 20MHz, Prescaler ist 1024.
Sollten noch Infos benötigt werden bitte melden!

Danke schon im Vorhinein und eine gute Nacht,
Constantin

So wie es aussieht liegt der Fehler tiefer im Programm als ich gehofft 
habe. Isoliert funktionieren die Interrupts perfekt :-/

#include <avr/interrupt.h>
#include <util/delay.h>
#include "rs232.h"

int i = 0;

void init_stepper()
{
  //Right
  TIMSK0 |= (1<<OCIE0A);
  TCCR0A |= (1<<WGM01);
  //Left
  TIMSK2 |= (1<<OCIE2A);
  TCCR2A |= (1<<WGM21);
}

int main()
{
  sei();
  setup_uart();
  init_stepper();
  uart_putchar('t');
  
  OCR0A = 254;
  OCR2A = 127;
  
  TCCR2B = (1<<CS00) | (1<<CS01) | (1<<CS02);

  TCCR0B = (1<<CS00) | (1<<CS02);

  while(1)
  {}
}


ISR (TIMER0_COMPA_vect)          //Right Motor TIMER0_OVF_vect
{
  uart_putchar('r');
  if(i >= 1)
  {
    TCCR0B &= ~((1<<CS00) | (1<<CS02));
  }
  i++;
}

ISR (TIMER2_COMPA_vect)          //Left Motor TIMER2_OVF_vect
{
  uart_putchar('l');
  if(i >= 1)
  {
    TCCR2B &= ~((1<<CS00) | (1<<CS01) | (1<<CS02));
  }
  i++;
}