Rechtecksignal an OC1A über CTC-Modus des Timers erzeugen

Hallo,

ich erzeuge derzeit ein Rechtecksignal am OC1A-Ausgang des Timers zur 
Ansteuerung eines Schrittmotors.

Die Frequenz stelle ich ein, indem ich das OCR1A auf meinen jeweils 
gewünschten Vergleichwert setze.

Das Problem ist jetzt, wenn ich das Register verändere, dass der 
Schrittmotor (nur während der Änderung) ruckelt.

Im AVR-GCC-Tutorial habe ich dazu gefunden:

"Im Unterschied zu den PWM-Betriebsarten wird die Registeraktualisierung 
bei CTC nicht automatisch synchronisiert. Schreibt man einen neuen 
Compare-Wert, dann wird dieser sofort übernommen, was zu Fehlfunktionen 
führen kann, wenn der neue Compare-Wert höher ist, als der atuelle Stand 
von TCNTnx. In den PWM-Betriebsarten wird hingegen der TOP-Wert synchron 
bei Erreichen von TOP oder BOTTOM aktualisiert. "

Hat einer von euch eine Idee wie ich die Frequenzänderung machen kann, 
ohne dass es diese "Ruckler" gibt?

Martin