fft Messergebnis auswertung

Hi,

ich hab eine Frage bezüglich der FFT. Und zwar hab ich mit einem 
Netzwerkanalysator ein System durchgemessen. Ich besitze jetzt Messwerte 
von 10Mhz bis 10GHz. Die Messwerte haben einen Abstand von 10MHz. D.h. 
ich habe also 1001 Messpunkte. Die Messdaten liegen mir bereits im 
Frequenzbereich vor.

Als erstes habe ich dann in meinem Matlab-Programm zu den Messwerten an 
der Frequenz 0 noch den Wert 0 eingefügt, da kein DC-Anteil vorhanden 
sind. Es sind jetzt also 1002 Messpunkte.

Nun zu meiner Frage:
Wenn ich das System jetzt als Übertragungsfunktion verwenden möchte muss 
ich ja noch nullen hinten dran hängen, da ja sonst bei der 
Rücktransformation mit ifft ein falsches Ergebnis kommt.

Ich dachte da an sowas:

meineFFt = complexeMesswerte(1:end);
meineFFT(end+1:2*length(complexeMesswerte)) = 0;

Nun ist die FFT doppel so lang und der Zweite Teil wegen der 
Spiegelfrequenz mit nullen aufgefüllt.

Wenn ich jedoch jetzt zurück in den Zeitbereich transformiere erhalte 
ich eine Falsche Impulsantwort.
Wenn ich jedoch die zweite Zeile durch

meinefft(end,2*length(complexeMesswerte)-1)=0;

ersetze sieht die Impulsantwort eher richtig aus.

Kann mir jemand von euch erklären ab welcher Stelle ich die Werte zu 
null setzen muss und wie viele? Stehe da gerade ziemlich aufm Schlauch. 
Wär euch echt sehr Dankbar für eure Hilfe,

Viele Grüße,
Petra