So Mein erstes Prog ist fertig aber verhält sich rätselhaf

Hallo zusammen,
Ich hab mir ein kleines Testhilfsmittel gebaut, mit AT90S4433 bestückt, 
das mir auf Tastendruck verschiedene Frequenzen ausgibt. Ich lade 
nacheinander Werte aus einem Datenfeld und übergebe sie ins(in die) 
Timer1 Register, welches bei Compare einen Portpin umschaltet. So 
entsteht meine Frequenz.
Funktioniert eigentlich ganz prima, aber der Timer1 läuft nicht immer 
gleich an. Es dauert zwischen 0 und 3 sec bis Die Portpinumschalterei 
nach einem Wertewechsel wieder läuft.
Bisher kann ich mir leider keinen Reim drauf machen. Hat jemand einen 
Tipp für mich?

Danke und Gruß

Philipp