Problem mit Xilinx ProNavi

Hallo zusammen,
ich schreibe gerade ein Programm für einen XC9536XL in verilog mit 
Xilinx Project Navigator.
Hierbei habe ich folgendes Problem:

Ich habe am Anfang meines Projects je einen Input und einen Output 
zuwenig definiert. Diese habe ich im Programm später hinzugefügt. Doch 
in Xilinx PACE konnte ich den beiden IO´s keine PINs zuordnen, da sie 
nicht angezeigt wurden. Erst als ich sie im Programm verwendete, reg und 
assign definierte, wurde der Output im Xilinx PACE automatisch 
hinzugefügt. Leider hat es mit dem Input bis jetzt noch nicht geklappt. 
Vielleicht kann mir ja jemand von euch weiter helfen.

Im Voraus schon mal vielen Dank.

MAC_G