Nach längerem Suchen und Probieren habe ich einen Weg gefunden das Ding
zum Laufen zu bekommen:
avrdude -c stk500v1 -P COMn -p m328p -b 57600
Wichtig dabei ist: Nach dem Bestätigen der Eingabe sofort den Reset
durch lösen des Tasters auslösen.
Ich kann nicht verstehen warum dies nicht quasi auf der ersten Seite bei
denen steht.
Zusammenfassung:
1. Als Programmer entweder "stk500" oder "stk500v1" angeben.
2. Baudrate per avrdude auf 57600 setzen.
3. Reset nach Befehl auslösen.

Bei dem Vorgang dann bootloader wie z.B. fboot draufbacken oder gleich
ISP Programmer verwenden, wenn man die Pins frei hat/mehrfach nutzen
kann.

Ausser natürlich du willst den original Bootloader behalten.

Bizarrerweise braucht man den Reset nur bei der Option "-n"
für -U braucht man nichts tun.
Eine .bat-Datei mit dieser Zeile:
<Ort>\bin\avrdude -c stk500v1 -P COM%1 -p m328p -b 57600 -U f:w:"<Ort>"
erlaubt das Schreiben mit einem Aufruf der Form:
<Name.bat> <Zahl>
Wobei Zahl sich auf die Nummer des Emulierten COM-Ports bezieht.