mega 8 lässt sich beschreiben aber läuft nicht

1.) Wenn das dann behoben ist und es immer noch nicht läuft, mach mal 
ein Semikolon (leeres statement) in Deine while-Schleife.
2.) Und was die angehängte Schaltung mit PORTD und PORTD2 zu tun hat, 
habe ich auch noch nicht verstanden (zumindest ist es in der Schaltung 
an Port C angeschlossen). Aber ich bin auch gerade erst aufgestanden, da 
bin ich kombinatorisch/logisch noch nicht so drauf ...

Der Widerstand zu RESET ist in der Schaltung auch nicht erforderlich, da 
der Pin ja gar nirgends angeschlossen ist (zumindest laut Schaltplan). 
Was (zumindest laut Schaltplan) aber auf jeden Fall an Hardware noch 
fehlt, ist ein 100 nF-Kondensator zwischen VCC und GND (=> 
"Abblockkondensator"). Und wenn das wirklich das vollständige Programm 
ist, sollte es eigentlich funktionieren.
Nur zum Testen kannst Du natürlich bei Port D bleiben, mußt dann 
natürlich auch an PD2 messen.
Mit den Fuses: Am besten noch mal alles in den Auslieferungszustand 
zurückversetzen und dann auslesen, ob es so stimmt.
Und was für den Codingstyle: Statt magic values wie z.B.

1

DDRD = 0x04;

lieber

1

DDRD = (1<<DDD2);

schreiben, das ist viel leichter zu verstehen.
Weiterhin habe ich nun gerade kein Datenblatt parat, aber hast Du bei 
dem PAckage mit VCC und VDD auch wirklich die richtigen Pins erwischt?

Das mit den 100 nF dürfte dann in diesem Fall tatsächlich egal sein, 
da der µC hier nur einmalig schaltet. Trotzdem sollte der 100 nF für den 
µC so dicht wie möglich an den beiden Anschlußpins sitzen; und Dein 100 
nF ist für den 7805 gedacht, damit der vernünftig regeln kann und die 
Ausgangsspannung glättet. Evtl. trotzdem mal einen weiteren 100 nF 
parallel dazulegen (quasi als letzt Hoffnung).

@hacky: Was erwartest Du da bei 1 MHz Takt zu sehen im Gegensatz zu 
0xFF?
while(1){
   portd=0x55;
   nop();
   portd=0xAA;

  }
Außerdem: Wenn schon ein Portpin so nicht geht, werden 8 sich auch nicht 
anders verhalten.

Wenn der µC sich schreiben und korrekt wieder auslesen läßt, würde ich 
auch denken, daß er noch lebt.

Ich würde noch mal
- mit dem Multimeter die Platine unter Saft vorsichtig durchklingeln, ob 
an den relevanten Pins (VCC, VDD etc.) auch die erwarteten Potentiale 
anliegen
- den Mini-Code (es ist auch wirklich nur der gepostete mit dem 
Semikolon?) noch mal in eine neue Datei/Projekt kopieren, neu 
kompilieren und flashen (nachdem der Chip in den Auslieferungszustand 
versetzt wurde, ich hatte mit AVR-Studio mal so ein nicht 
reproduzierbares Problem)

Ansonsten bin ich auch ratlos. Das im Makefile das falsche Device etc. 
eingestellt ist schließe ich doch zu recht aus, oder?

> Der Widerstand zu RESET ist in der Schaltung auch nicht erforderlich...

Natürlich muss ein Widerstand, ca. 10K, von RESET nach VCC geschaltet 
sein und besser auch noch ein 100nF von RESET gegen GND.

Dein B2 sollte auch noch einen Ladekondensator bekommen. Da reichen 
100µF.

> meine an VCC irgendwas mit 7V gemessen zu haben

Das könnte den Mega geschossen haben.

> obwohl ich ihn noch beschreiben und auslesen kann?

bist du dir sicher, dass das was du ausliest auch mit dem übereinstimmt 
was du reingeschrieben hast?

Welchen Oszillator hast du ausgewählt?
Wenn ext.Quarz dann prüf doch bitte mit einem Scope ob der schwingt.