Simple Befehle über RS232 am ATmega16 steuern (in C)

den Quelltext musst du schon alleine basteln.
Schwierig ist aber nicht.
Erstmal kannst du dir selbst irgendein Kommunikationsprotokoll 
ausdenken.
Das kann im einfachsten Fall sogar ein einzelnes Byte sein, damit 
könntest du theoretisch schon mal 256 verschiedene Funktionen steuern. 
Für den Start reicht das schon mal.
Also UART im MC initialisieren und auf hereintröpfelnde Bytes reagieren.
Wichtig ist, dass du auf beiden Seiten die gleichen 
Schnittstellenparameter einstellst. Dazu noch einen MAX232 o.ä. als 
Pegelwandler, fertig.

Du must Tastenabfrage/RS232 und Codeausführung trennen

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function doSomething(unsigned char cmd) {

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  // hier ein switch / if/then/else Konstrukt

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  // das über cmd die gewünschten Befehle entgegennimmt

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}

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Schleife die periodisch die Taster abfrägt (am besten im Timer)

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...

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if (keypressed()) doSomething(keycode);

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...

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Interrupt der beim Empfang eines Zeichens auslöst (RX-Complete)

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...

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doSomething(UDR); // interpretiere Byte an RS232 wie einen Tastencode

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...

den Rest musst dir aber selbst weiterbasten ;-)

Gruß
Roland