Auswahl eine MC

die Cortex von NXP ?
 LPC17xx


>>- 4 x UART >2 Mbit pro port
• Maximum UART data bit rate of 6.25 Mbit/s.
• 16 B Receive and Transmit FIFOs.
• All UARTs have DMA support.

>>- 1 x SPI minimum 10 MHz clock
Maximum SPI data bit rate of 12.5 Mbit/s
• Synchronous, serial, full duplex communication
• Maximum data bit rate of one eighth of the input clock rate
• 8 bits to 16 bits per transfer

>>- Gehäuse < 12x12 mm
LQFP100:
plastic low profile quad flat package; 100 leads; body 14 x 14 x 1.4 mm
somit zu groß


TFBGA100: plastic thin fine-pitch ball grid array package; 100 balls; 
body 9 x 9 x 0.7 mm
passt .. aber eben BGA
bei 1000 stk ist sicher industrielle fertigung geplant und somit wieder 
kein großes thema

>>- interner kalibrierter Oszillator mit PLL
hat er

>>- DMA Controller
hat er auch

>>- < 5 € für 1000er Stückzahlen
je nach anbieter ... kein plan .. müsste man gucken

achso
ein kleineres package gibts auch noch mit weniger I/Os

LQFP80: plastic low profile quad flat package; 80 leads; body 12 x 12 x 
1.4 mm

ist typabhängig

hoffe der link geht
http://www.nxp.com/#/ps/ps=[i=56890,f=c7503:2122c--c7507:5849b]|pp=[t=pfp,i=56890]

AVR Xmega sollte auch passen. Eventuell kannst du sogar einen D-Typen 
verwenden, der dann noch etwas günstiger wäre.