Arduino Pro Micro 32u4 über USB 2 Serial ports

Guten Tag,
ich habe mir eine Bildschirmtastatur mit Audio-Fadern mit einem Arduino 
Pro Micro 32u4 gebaut. Das Gerät besteht aus 2 Open Source Projekten, 
dessen Firmware ich kombiniert habe. Das Problem ist nun, dass beide ein 
Programm auf dem PC brauchen, welches mit dem Arduino über USB Serial 
kommunizieren muss. Nun stören sich beide Programme miteinander, 
aufgrund des Serial connection. Mit dem Pro Micro 32u4 sollte es ja 
eigentlich möglich sein den so zu programmieren, dass der PC den Arduino 
als 2 getrennte Geräte erkennt und er getrennt mit beiden Seriell 
kommunizieren kann. Ich habe nur leider keinen Ansatz wie ich das 
Umsetze. Es wäre Nett wenn ihr mir einen Ansatz geben könntet!