Debugging mit j-Link verändert Programmverlauf (ISRs werden ignoriert)

Verrate doch bitte mal deine J-Link Software Version und poste ein 
minimales Projekt welches das Problem zeigt. Dann hat auch jemand (z.B. 
von Segger) die Chance das nachzuvollziehen.
Eine Einstellung in der Art ist mir nicht bekannt.

Wurde die Codeoptimierung abgeschaltet?

Software ist die aktuellste, FW wurde auch geupdatet.
Ich habe eine komplett neue Toolchain eingerichtet (das ging mit den 
ganzen Paketen, die es mittlerweile gibt echt schnell und komfortabel 
über die Bühne) und das Problem scheint nicht mehr in der Form 
aufzutreten; Lediglich ein extra Reset ist nötig, damit ISRs 
funktionieren.

Meine Hypothese ist, dass in einem der ständigen Kommunikationsprobleme 
ein Breakpoint getroffen wurde, das aber nicht zu Eclipse durchgedrungen 
ist - genau das Verhalten kann ich erzeugen, indem ich irgendwo einen 
Breakpoint setze und er dort stehen bleibt: Der Timer läuft weiter, ohne 
aber in die ISR springen zu können.
Der Bug liegt vermutlich in der Kommunikation zwischen Eclipse und 
GDB-Client oder GDB-Client und GDB-Server. Es gab zuweilen jede Menge 
Fehlermeldungen im GDB-Server-Log (von wegen Target running, can't read 
a.Ä.), die gibt es jetzt nur noch nach dem cont nach dem ersten 
Breakpoint vor dem zweiten, manuellen Reset.
Mit den neuen Versionen gibt es deutlich weniger Probleme; wenn ich den 
extra manuellen Reset noch weg bekommen würde wäre das ein rießiger 
Fortschritt von meinem bisherigen ST-Link/V2.

Selbstverständlich ohne Optimierung, sobald der Debugger abgesteckt 
wurde funktioniert alles wie es sollte, ebenso mit dem ST-Link/V2.