COM-Express-Card

> Ist eine COM-Express-Card etwas wie ein
> USB-Seriell-Adapter, oder ist diese ein richtiger
> Hardware-Com-Port?

Beides ist möglich, da die ExpressCard-Spezifikation eben auch USB an 
den Stecker gelegt hat und die Implementierung eines 
USB-Seriell-Adapters halt deutlich einfacher ist.
Es gibt aber auch ExpressCards mit "echten" serielle Schnittstellen.

> Anders: Kann ich mit so einer Karte direkt die einzelnen
> Pins des Comports beeinflussen?

Das kannst Du bei einer USB-Seriell-Bridge auch. Nur das Timing ist ein 
Problem, wenn Du frickelbastellösungen à la "bitbanging auf der 
seriellen Schnittstelle" machen willst. Das ist aber sowieso Murks, auch 
auf einer "echten" Schnittstelle.
Und unter ernstgemeinten Betriebssystemen geht der Zugriff auf die 
serielle Schnittstelle eh' nur mit Aufrufen des Devicetreibers, so daß 
die Schedulergranularität des Betriebssystems hier die zeitbeschränkende 
Größe ist - die ist nicht kleiner als die USB-Zykluszeit.

Also ich benutze die FTDI Chips, da klappt das HW-Handshake wunderbar, 
auch unter Vista. Vielleicht solltest du mal den richtigen Vista Treiber 
für Prolific suchen, den gibts zwar nicht direkt bei denen, aber zum 
Beispiel hier: http://cooldrives.stores.yahoo.net/wividrforprc.html