Hallo Dietmar,
leider keine Ideen, aber vielleicht ein paar Tipps um das Problem
einzukreisen.
Das AVR Eclipse Plugin speichert die ganzen Projekt-Spezifischen AVRDude
Einstellungen in der Datei .settings/de.innot.avreclipse.core.prefs im
Projektverzeichnis.
Du kannst Dir die Datei auch ansehen, sogar von Eclipse aus, wenn Du den
"Navigator" View benutzt (Window -> Show View -> Navigator)
Jedesmal wenn Du eine avrdude-spezifische Einstellung änderst und
entweder "Apply" oder "OK" drückst sollten sich die Datei sofort
entsprechend ändern.
Wenn dem nicht so ist müsstest Du mal einen Blick ins Eclipse Error Log
werfen (Help -> About Eclipse (Platform|SDK) -> Configuration Details ->
View Error Log) und schauen ob es irgendwelche Fehlermeldungen mit
"de.innot.avreclipse" gibt.
LG
Thomas