Programm nach Programmierung des Atmega88p funktioniert nicht.

Hallo

Ich habe ein Problem, das ich mir bisher nicht erklären kann und auch 
keine Lösung fand.

Wir verwenden in einem Projekt den Atmega88p. Als Programmer verwenden 
wir eine eigene Programmerplatine (PC -> USB -> Programmer -> ISP -> 
Atmega88p), AVRBurner und AVRdude. Nach anfänglichen Problemen mit der 
device signature konnten wir endlich mit dem Board kommunizieren. Wir 
bekommen über die MISO-Leitung eine Antwort zurück und die Fusebits 
können auch problemlos gesetzt werden (haben mit einem Oszilloskop den 
externen Quarz geprüft)
Allerdings geht die normale Programmierung überhaupt nicht. Er schreibt 
zwar etwas und gibt eine Meldung, dass die Programmierung erfolgreich 
war, aber wenn wir die Ports kontrollieren, kommt gar nichts. Es ist 
auch ziemlich mysteriös, dass er immer genau 0,91sek zum schreiben und 
anschließend 0.82sek zum vergleichen braucht. Auch die Datenmenge ist 
immer genau 188Byte, egal welches Programm wir hochladen.

Hatte mal jemand ein ähnliches Problem oder weiß jemand, was ich falsch 
mache? Wäre super.. :D