Wie schaltet ein AVR in den SPI Modus?

Hallo,
ich habe mal eine Verständnisfrage bez. des Programmiermodus der Atmel 
AVR. Wenn ich richtig informiert bin, dann schalten die Atmel AVR 
Controller durch senden eines 2 Byte großen Befehls an MOSI in den 
seriellen Programmiermodus. Das funktioniert natürlich auch dann, wenn 
bereits ein Programm ins Flash RAM geladen wurde. Was aber, wenn der 
entsprechende I/O Pin des MOSI Eingangs(!) als Output konfiguriert wurde 
und der Controller das Programm bereits abarbeitet?
Weiß jemand, wie das läuft?

Danke & Gruß,
Andreas