Schau doch einfach mal in Datenblatt eines NE555
http://www.national.com/ds/LM/LM555.pdf
Bei 5MOhm und 1uF liest am in Figure 3 locker 3 Sekunden ab.
Dein Chip funktioniert also richtig, aber deine Mathekenntnisse nicht.
Aber beachte:
Du willst einen 1uF Kondensator (welcher Bauart? Elko oder Folie?)
über 5MOhm aufladen (an einer unbekannten Spannung, sagen wir 5V)
von 1.66V auf 3.33V, an dem Anschluss hängt der Threshold Eingang, in
den laut Datenblatt 0.1 bis 0.25uA fliessen.
Von den 0.5uA, die im Schnitt durch das 5 MOhm Poti fliessen, werden
also bis zur Hälfte in den Eingang abgezeigt, oder fliessen aus dem
Eingang heraus hinzu.
Falls du einen Elko verwendest, greif dir mal dessen Datenblatt
http://www.cde.com/catalogs/SK.pdf
demnach fliessen bei dem bis zu 0.1uA einfach ab.
Du bist also in einem Strombereich, bei dem Nebeneffekte, wie Reststrom
durch Elkos und in IC-Eingänge, icht mehr vernachlässigbar sind, sondern
fast den ganzen Messwert ausmachen.
Versuch's mit 500k und 10uF FOLIENkondenstaor, und du wirst merken, dass
für 3 Minuten ein NE555 die falsche Wahl ist.
Dafür wurden 74HC5555 oder CD4541 erfunden.