Linux: Gleichnamige Dateien kopieren, neue Version überschreibt alte

Hallo, mal eine blöde Frage:

Ich habe zwei Eagle-Versionen mit je einem Lib-Verzeichnis, und in 
beiden Versionen getrennt Änderungen an den Libs durchgeführt. Ich 
möchte jetzt alle Dateien der alten Version in das Verzeichnis der neuen 
Version rüberkopieren. Dabei sollen aber nur Dateien mit neuerem 
Änderungsdatum ältere Versionen überschreiben.

Wie geht das unter Linux am besten?