Abtastmethoden für µC

Hallo zusammen,

ich muss ein digitales Signal empfangen und mit einem µC verarbeiten.

Das besagte Signal ist Manchester-codiert und hat eine Frequenz von 
250kHz; es wird erstmal durch eine analoge Schaltung gefiltert und 
wieder zu einem Rechtecksignal geformt.

Nun stellt sich die Frage, wie kommt das Signal in den µC? Dazu gibt es 
doch bestimmt verschiedene Verfahren, wie z.B. Abfragen mit 
Timer-Interrupt oder flankengesteuerter PIO-Interrupt.
Was kann man noch machen und was ist für die Frequent besser geeignet?

Ich würde mich über eure Vorschläge sehr freuen, da ich mit so einer 
Problematik noch nicht vertraut bin.

Viele Grüße
Jens