Programm läuft nur beim Debuggen

Hi!
Ich benutze den ATmega16, ein JTAGICE mkii und arbeite mit AVR Studio.

Habe es auch endlich zum laufen bekommen..so einigermaßen.
Erst ging gar nichts, als ich mit "Build Active Configuraton" das im 
default Ordner generierte hex-file übertragen habe (mit Flash->input 
HEX-file->Program-Button).

Danach habe ich mal probiert zu debuggen, und es geht alles so wie es 
soll!! Im run-Modus läuft das Programm wunderbar durch.

Ich erinnere mich von früehr (schon 2 Jahre her), dass ich damals immer 
das hex-File rübergeladen habe und dann lief das Programm. Was mache ich 
denn diesmal falsch? Fuses und alle weiteren Einstellungen sollten ja 
korrekt sein, sonst würde das Debugging doch auch nicht funktionieren...