Problem mit Fat16

Hallo,

ich nutze das Dateisystem MikroFat16 V1.29 für AVR's um gemessene 
Spannungswerte auf eine SD-Karte zu schreiben.
Soweit klappt alles ganz super, jedoch besteht noch ein Problem.

Die Daten werden in einem txt-File auf der Karte abgelegt. Wenn dieses 
File die 4KB Größe überschreitet lässt sich die Karte nicht mehr von 
Windows auslesen, sie muss dann "repariert" werden um ein paar der Daten 
auszulesen. Bis zu einer Größe von 4KB funktioniert das Speichern und 
Auslesen der Daten zuverlässig.
Deshalb meine Frage: Kennt jemand das Problem oder ein Ähnliches und hat 
jemand vielleicht einen Lösungsansatz oder Hinweis für mich, wie ich das 
Problem lösen kann?

Vielen Dank für eure Bemühungen.