Ideen um Zeitpunkte der Signalausgabe verbessern

Hallo, ich möchte mit einem STM32F107 Flanken einlesen und verzögert 
wieder ausgeben. Ich nutze dazu zwei Interrupts. Einer ließt ein und 
gibt die Zeitverzögerungen vor mit dem der zweite Interrupt aufgerufen 
wird. Außerdem dient er als Zählerweiterung, da der STM32 nur über 16 
Bit Zähler verfügt. Der zweite Interrupt kann den ersten unterbrechen 
und dient der Flankenausgabe. Durch die höhere Priorisierung des zweiten 
Interrupts konnten die Schwankungen schon reduziert werden. Allerdings 
habe ich immernoch Schwankungen von etwa 4 µs. Wahrscheinlich sind die 
Interruptladezeiten unterschiedlich wenns sie vom Hauptprogramm oder aus 
der Main ausgeführt werden. Ich überlege jetzt fast alles aus den 
Interrupts raus zu nehmen und im Hauptprogramm zu erledigen, so auch die 
Zählererweiterung.

Gibt es sonst noch Grundsätzliche Ideen wie man die Zeiten besser 
anpassen könnte? So dass ich eine exakte Ausgabeverzögerung habe?