Timer neu konfigurieren ohne reset

Hallo,

ich programiere gerade ein Atmega32D4 und configuriere ein Timer in PWM 
single slope Modus. Der Timer läuft, ein Pin wird entsprechend der 
Konfiguration geschaltet. Danach wird der Timer gestoppt, neu 
konfiguriert (timer is jetzt in normal modus, der Clock bekommt einen 
neuen Wert)und wieder gestartet. Dann wird der Timer wieder gestoppt und 
in Pwm Modus zurück konfiguriert. Nach der neuen Konfiguration, die 
aller erste Periode ist aber länger als berechnet. Wenn ich vor der neue 
Konfiguration ein reset Befehl schreibe läuft alles prima. Der Zähler 
auf Null zu setzen nach der Konfiguration löst das Probelm nicht. Kann 
sein dass doch irgendwo ein Register etwas von der alten Konfiguration 
behält? Aber welche?

Danke für euere Meinungen