AT89C5131A Bootloader

Hallo liebe Community,

ich bin ein wenig Verwirrt. Ich habe von Elektor das Entwicklungsboard 
für den AT89C5131A 
(http://www.elektor.de/jahrgang/2007/november/8051-goes-usb-(usb-flashboard).275168.lynkx).

Wenn ich mein Programm in den Controller lade und via FLIP starte geht 
alles wunderbar.
Wenn ich aber das Board umschalte auf "freie Betrieb" geht gar nichts 
mehr.

Ein Kollege meinte ich habe den Bootloader gelöscht, kann ich mir aber 
nicht vorstellen, da einerseits die kommunikation zwischen PC und 
Controller beim flashen geht und andererseits der BL eigentlich im 
EEPROM liegt, oder hab ich da was verdreht?