Rechteck Signal Glätten

Dein Audio Eingang ist für derartige Signale nicht geeignet. Die 
Verzerrungen werden von der Soundkarte selbst verursacht.

Zum Einen entstehen Überschwingungen an den Flanken, die Du durch eine 
Tiefpass (R/C Filter) reduzieren kannst. Aber dadurch werden die Flanken 
auch flacher - was aber wieder andere Seiteneffekte mit sich bringt 
(senkrechte Flanken sind nicht mehr senkrecht).

Zum Anderen ist das Signal unsymmetrisch, weswegen es sich vertikal 
verschiebt. Die Soundkarte wird nur mit symmetrischen Signalen richtig 
funktionieren.