Fehler beim Flashen von XMEGA128A3 bei bestimmter Adresse

Hallo zusammen,

ich arbeite momentan an einem selbst gelayouteten Board mit 
ATXMEGA128A3, der ein LCD, UART und ein paar Taster betreibt.
Der Programmer ist ein JTAGICE3, die Sprache C und die 
Entwicklungsumgebung AVR Studio 5. Das Board an sich lief bisher 
einwandfrei, alles ließ sich programmieren wie gewünscht.
Nun ist es allerdings so, dass sobald mein Programm eine bestimmte 
Komplexität erreicht, beim Verifizieren des Chips eine Fehlermeldung 
auftritt:
[ERROR] Verifying Flash...Failed! address=0x0a00 expected=0x08 
actual=0xff

Die Adresse ist dabei immer die selbe, nur der erwartete Wert ändert 
sich je nach Hex-Datei. Sobald ich gerade so viel Code auskommentiere, 
dass besagte Adresse nicht mehr beschrieben wird, funktioniert wieder 
alles ohne Probleme.
Wo könnte das Problem liegen? Liegt hier ein Hardwaredefekt vor? Lässt 
sich das Problem eventuell irgendwie umgehen?

Vielen Dank schon mal!