Brauch euere Hilfe Timergeseuerte Zählvariablen

Hallo liebes Forum!

Vorab ich Verwende Atmel Studio 6, Atmega 32, Programmiersprache C.

Ich such einen Anstaz um mit einem Timer Zählvariabeln die wiederum als 
Timer funkieren sollen.

Hintergrund ist, das keine Delay oder anders geartete 
Verzögerungsschleifen
nicht betracht kommen.
Trotzdem würde ich gerne bestimmte Ereignisse Verzögern oder anstarten.

Z.B.  eine Taste wird 2 sek lang gedrückt dann soll eine Led blinken.
Wird die selbe Taste kurz gedrückt oder mehrmals
hintereinander soll eine Auswahl getroffen werden die Led in 
verschiedenen Frequenzen blinken zu lassen.

So jetzt ist es ja notwendig bestimmte Zählvariablen im Timer 
anzustarten.
Jetzt die Frage!
Steuert man sowas nun über Flags?
Wenn ja wie soll ich da vorgehen oder gibt es andere ideen dazu?