Bootloader debuggen

Hallo wollt mal fragen, hat es jemand schonmal hinbekommen einen 
Bootloader von Stellaris zu debuggen. Ich arbeite mit dem uc LM3S9B96. 
Wenn ich ihn debugge startet er nicht wo er soll und bei schrittweise 
debuggen springt er irgendwo hin nur nicht dort wo ich ihn haben will. 
Soweit ich weis, der Bootloader von Stellaris wird in das SRAM 
verschoben weshalb es zu solchen Problemen kommt. Kennt jemand eine 
Aushilfe dafür.

ZUm Hintergrund, ich will über einen dfu programmer einmal das interne 
Flash des Stellaris programmieren können und einmal ein ext. SPI Flash. 
Durch eine Addresszuweiseung in der commandzeile soll dies realisiert 
werden. Beim Programmieren des internen Flashs muss man ja eh eine 
Startaddresse angeben, wegen dem bootloader da er die ersten 6kb des 
Flashs wegnimmt, genauso sooll bei eingabe einer bestimmten Addresse das 
ext. flash geflasht werden. Dazu habe ich den PC seitigen Code und 
bootloader code verändert. Hab ein neues Command hinzugefügt, die PC 
Seite sendet zwar das command, konnte ich durch debuggen herausfinden 
jedoch gibt der Bootloader immer eine Fehlermeldung zurück, dass das 
command nicht erkannt wurde.
Nun will ich den bootloader debuggen um dies herauszufinden.

Bin Dankbar für jede Hilfe.