Welcher Pin ist an Atmega 16 Timer1

Port D 4 oder 5 kommt drauf an welches output compare du benutzt

Nachvollziehbar erklärt.

Du möchtest also mit einem externen Takt den Timer 1 so ansteuern, dass 
er bei jedem externen Puls um 1 weiter zählt.

Ein Blick ins Datenblatt, Abschnitt Register Summary bringt die Tabelle 
mit den 'Clocking Options' zu Tage.

1

Table 48. Clock Select Bit Description

2

3

CS12 CS11 CS10 Description

4

5

0      0    0   No clock source (Timer/Counter stopped).

6

0      0    1   clkI/O/1 (No prescaling)

7

0      1    0   clkI/O/8 (From prescaler)

8

0      1    1   clkI/O/64 (From prescaler)

9

1      0    0   clkI/O/256 (From prescaler)

10

1      0    1   clkI/O/1024 (From prescaler)

11

1      1    0   External clock source on T1 pin. Clock on falling edge.

12

1      1    1   External clock source on T1 pin. Clock on rising edge.

Gut. Da steht also: 'on T1 Pin'.

Jetzt zurückscrollen, gaaaaanz an den Anfang des Datenblattes, auf die 
2. Seite an der das Pinout des Prozessors abgebildet ist.
Dort im Bild den Pin suchen, bei dem T1 dabeisteht.

-> es ist der Pin 2, der auch als PB1 (also Bit 1 vom Port B) bekannt 
ist.

rtfm!