Arduinio, mit welchem Programm programmieren

keine Ahnung, ich hab halt dass C-Programm in dem Arduinio Programm 
geschrieben. Dass gefällt mir einfach nicht von der Umgebung her. Habe 
bisher immer mit Microchip und MPLAB X Programmiert, so ein ähnliches 
Programm suche ich jetzt für Atmel/Arduinio.

Worin liegt eigendlich der Unterschied zwischen Atmel und Arduinio?
Schon klar, auf dem Arduinio Board sitzt ein Atmel Prozessor, also 
müsste ich doch Tehoretisch von jedem Programm mit dem man Atmel 
Prozessoren programmieren kann den Arduinio programmieren können, oder?

Mit WinAVR programmieren und mit avrdude per USB auf den arduino 
schieben. Man darf nur den Bootloader nicht überschreiben.

den kann ich doch ohnehin nur über ISP überschreiben, oder?

Kann ich dann mit WinAVR Debuggen?

hier wurde das schonmal bestprochen, und ich bin mir sicher noch mehr 
Posts dazu gesehen zu haben
Beitrag "Alternative Arduino Entwicklungsumgebung"

und der Link für Arduino mit Eclipse:
http://playground.arduino.cc/Code/Eclipse

Die große Frage, die sich mir stellt, ist welche vor und Nachteile es 
hat, wenn ich jetzt auf Arduino lerne, und nicht normales C 
programmiere.

In der Arduino IDE programmierst Du mit C++. Du hast auch noch die 
ganzen Arduino Libraries zur Verfügung.

Das hast du unter C auch alles. Musst es dir nur selbst zusammensuchen.