Programm mit ISR läuft im Single Step Debugging aber nicht in Run Mode

Guten Morgen!
Ich habe ein Problem:
Ich habe ein Programm für einen µC geschrieben.
Über einen Taster (löst KeyBoardInterrupt aus) kann ich verschiedene 
Modi wählen. Modi 2 und 4 sind AD Wandlungen.
Der RTC, der jede ms einen Overflow hat, löst mir eine ADC aus.
Es liegen 3,8V und 1,8V an den analog Eingängen an.
Wenn ich Single Step Debugging mache, funktioniert es und im LCD 
erscheint die richtige Spannung, im Run Mode kommt immer 0 heraus, also 
auch aus dem ADConversionRegister.
Kann mir jemand helfen?

Mikrocontroller: 9S08LG32 8-bit µC von Freescale
Evaluationkit: DEMO9S08LG32
Entwicklungsumgebung: CodeWarrior

Ich habe den Code angehängt, Messungen 0, 1 und 3 der Übersichtlichkeit 
nicht angegeben.

Vielen Dank schon mal!
Daniel