OC1A Pin gesperrt nach abschalten von PWM?

Hallo zusammen!

Situation:
Ich habe hier einen ATmega644, bei dem ich den Timer1 im 
"Phase-and-Frequency Correct PWM" Mode betreibe (Motoransteuerung). Das 
funktioniert soweit alles einwandfrei, sprich Duty-Cycle hoch und runter 
stellen.

Jetzt möchte ich aber von Zeit zu Zeit die PWM abschalten. Das habe ich 
schon versucht, indem ich den Takt vom Timer wegnehme (Prescaler=0) oder 
den Output-Compare-Match deaktiviere (COM1A1).

Problem:
Es kommt jetzt immer wieder mal vor, dass im high-Zustand das ganze 
deaktiviert wird. Als Folge bleibt mein Ausgangspin auf high. Möchte ich 
im Anschluss den Pin via Code deaktivieren passiert einfach nichts (Pin 
bleibt high).

- Ist der Pin möglicherweise noch vom Timer gesperrt?
- Welch andere Möglichkeit habe ich den Timer zu stoppen und dann den 
OC1A Pin sicher auf low zu stellen?

Gruß
Sven