Eclipse Mercurial entfernt Dateien aus Versionsverwaltung

Hallo zusammen,

ich verwende seit kurzem Eclipse Kepler (Service Release 2) zum 
Programmieren meiner ATmegas, dazu das AVR Eclipse Plugin 2.3.4 sowie 
zur Versionsverwaltung MercurialEclipse 2.1 (NICHT das "MercurialEclipse 
(was HgEclipse) 1.8"). Bin soweit sehr zufrieden, jedoch hab ich ein 
kleines Problemchen:

Ich habe auch die Programmierfiles mit eingecheckt, sprich Hex-File, 
EEP-File, ELF-File sowie das Listing (.LSS). Und diese vier Files wirft 
mir das Mercurial-Plugin jedesmal ungefragt aus der Versionsverwaltung 
(siehe Screenshot). Normalerweise blende ich die Files in Eclipse aus, 
hab sie nur für den Screenshot mal eingeblendet. Ich muss sie also vor 
jedem Commit nochmal manuell Adden, damit sie mit eingecheckt werden, 
was sehr lästig ist.

Hat jemand von Euch schon mal ein ähnliches Problem gehabt, oder weiß 
woran das liegen könnte?

Danke und Grüße,
Mario