AT90USB1287 USB Bootloader FLIP Warm Reset funktioniert nicht

Hallo, ich bräuchte mal Eure Hilfe bei der Benutzung von FLIP mit einem 
AT90USB1287. Der AT90USB1287 ist mit einem Flash- bzw. Bootloader 
ausgestattet, das hex-image heißt:
128X-usb-boot-1-0-1.hex
Flip funktioniert einigermaßen zum Laden meines Codes. Mein Problem ist 
aber folgendes: nach dem Laden des Codes verhält sich der AVR 
merkwürdig:
- Ich kann die Code-Ausführung auf dem AVR nicht durch ein warm-Reset 
(bei angeschlossenem USB-Kabel) starten.
- Ich muss die Power ausschalten und das USB-Kabel entfernen, erst dann 
startet der AVR wieder normal.
Woran kann das liegen?