Atmel SAM4S8 TC Capture-Problem(e)

Ich bin eigentlich ein Anfänger in C-Programmierung und habe über Atmel 
Studio 6 bisher einen Arduino Due mit SAM3 programmiert.
Um die Pulsbreite des DCF77 Signals zu messen, habe ich dort den TC0 im 
Capturemode benutzt und mit Hilfe von TIOA als Capture-PIN und den 
Zählerständen der Register RA und RB den Abstand der Pulsflanken 
berechnet, was sehr gut funktioniert.
Nun habe ich ein Selbstbauprojekt mit SAM4S8C Controller, welcher ein 7" 
TFT mit Touch, SDRAM und diverse TWI-Devices bedient und somit eine 
Menge Ports und Pins für diese Sonderaufgaben belegt, auch TIOA0-2.
Ohne mir die genauen Unterschiede zwischen TIOA und TIOB anzusehen, 
dachte ich TIOB0 ist frei und habe ihn genommen.
Nun musste ich aber feststellen, dass die RA und RB Funktionen über TIOB 
leider nicht verfügbar sind, sondern nur ein Edgedetect möglich ist.
Nun zu meinem Problem:
Lese ich im TC0_Handler den Wert des Counter CV aus, bekomme ich in 
Abhängigkeit der Zählertaktfrequenz immer nur Werte von 3 bis 8 
ausgelesen.
Lese ich den Counter von Ausserhalb, bekomme ich andere, wechselnde 
Werte.
Wird der Counter beim IRQ resettet oder kann ich den Wert in der 
Interruptroutine nicht richtig auslesen?

Das ware eine Menge Anfängerfragen und ich hoffe, dass ich hier Hilfe 
bekomme.

vielen Dank Jürgen