Ein eclipse projekt - zwei architekturen

Ich entwickle für Linux ein Projekt, welches auf einem ARM Prozessor 
ausgeführt werden soll.
Zum testen compiliere ich das ganze aber nativ auf meiner x86 Plattform 
und erst in einem zweiten Schritt compiliere ich das gleiche für ARM.
Dazu habe ich zurzeit 2 Projekte mit dem gleichen Code drin, den 
gleichen abhängigkeiten der Libs etc. Der einzige Unterschied sind die 
Compileeinstellungen.
Ist es möglich für ein Projekt 2 binaries compilieren zu lassen?
Das wäre auch für die Versionierung etc. einfacher und ich muss nicht 2 
Projekte mit dem gleichen Inhalt pflegen.