FX3 boot Option Problem

Hallo,
ich versuche seit einiger zeit einen Projekt mit FX3 und FPGA zum laufen 
zu bringen aber ohne Erfolg bislang.
Ich will dass,das FPGA den FX3 konfiguriert(Boot Option sync. ADmux).
Ich kann zwar die Firmware zum FX3 schicken, der startet die 
Applikation,meldet sich als USB aber ich bekomme von dem keinen Flag 
gesetzt.Es scheint so, ob die Kommunikation zwischen FX3 und FPGA nicht 
mehr funktioniert.
Das Gpif2 Interface wird als sync. SlaveFifo verwendet.
Mit der Boot-Option I2C-USB Fallback funktioniert alles.

Hat jemand schon Erfahrung mit dieser Boot Option gemacht.
Was gibt da zu beachten?

MfG,

Sacko