Externe Tools Atmel Studio 7

Extras -> Anpassen -> Tab: "Befehle"
Menüleiste: "Extras"

Falls du in der Liste "Steuerbefehle" kein Eintrag hast der "Externe 
Tools" lautet, dann:

"Befehl hinzufühgen..." -> Kategorien: "Extras"
Befehl: "Externe Tools..." auswählen

Vllt. löst das dein Problem - mich wundert es nur, dass es bei dir nicht 
vorhanden ist.

Man kann dort auch "Zurücksetzen", aber da bin ich mir nicht sicher, ob 
er dann alle Einstellungen auf default setzt.