Abgleich ADC vom µC

Hallo,

ich habe vor einen ATMEGA16L zu Messzwecken zu verwenden.
Gemacht werden sollen 3 differentielle Messungen.
Nun meine Frage:
Muss ich jeden einzelnen Eingang abgleichen?
Mir ist bekannt dass intern nur 1 ADC werkelt, jedoch werden 
verschiedene PGA verwendet.

Was meint Ihr dazu?

Gruß
Anselm