Anfängerfrage zu I/O Ports

Hallo zusammen,
ich bin noch neu in der ganzen Materie.
Ich hab mir als erstes einmal den ISP Programmer gebaut und die 
Einstiegsschaltung aus dem Tut aufgebaut.
Wenn ich die LED´s anschließe geht auch.
Nur wenn ich die Ausgänge PB3-5 als Ausgänge nehme und diese auch auf 
low lege passiert nichts.
Wie ist das denn generell mit dem ISP Anschluss am Spreadboard. Wenn ich 
programmiere wird der Programmablauf unterbrochen und der Flashspeicher 
kann beschrieben werden.Und was passiert dann mit den LED´s die ja 
Parallel zu den MISO und MOSI Leitungen liegen? Aber wenn das 
programmieren abgeschlossen ist müssten doch die LED´s auch leuchten.
Ich hoffe das war jetzt nicht zuviel auf einmal.

Grüße Gerd