Timer Registerwerte unterschiedlich

Folgendes Problem. Ich habe hier einen STM32F407 Mikrocontroller und 
will einen AB-Encoder auswerten, indem ich die Steps mittels Timer 4 
zähle.
Konfiguration ist mit CubeMX erstellt.
Mit den HAL Treibern gibt es für die Timer jeweils einen 
TIM_HandleTypeDef, welcher letztlich auch nur ein Pointer auf die 
Register ist.
Zusätzlich gibt es ja noch die Möglichkeit, mittels TIM4->... auf die 
Register zuzugreifen.
Ich habe einen weiteren Timer eingerichtet, der nach 2 Sekunden auslöst. 
In diesem Timer will ich zunächst nur den Zählerstand vom Encodertimer 
auslesen. Bringt mir zwar noch nicht viel, aber das ist jetzt egal.
Ich nutze SW4STM32 und nutze da den Variablen Watcher um mir den Inhalt 
der beiden Pointer anzuzeigen.
Jedoch unterscheiden sich die Werte bzw. deren Inhalt (siehe Bild 1 im 
Anhang).
Wechsle ich direkt zu dem Register Viewer im SW4STM32, habe ich da 
wieder einen anderen Wert (bild 2).

Ich habe nirgends einen Schreibzugriff auf das Register, nur lesen.

Wo könnte der Fehler sein?