Timer Interrupt Atmega128

Hast du dir schon mal das AVR-GCC Tutorial
angeschaut? Dort gibt es einen Abschnitt über
Timer.
Was genau verstehst du denn daran nicht?
Im Grunde ist das ganz simpel:
Der Timer wird mit einem Vorteiler an den 'Quarz'
abgehängt. Dann zählt der ganz von alleine. Wenn
der Timer seinen Endstand erreicht hat, löst
er einen Overflow-Interrupt aus und fängt wieder bei
0 an.
Es liegt jetzt an dir den Vorteiler so einzustellen,
dass du eine Zeitbasis im Overflow Interrupt bekommst
mit der du weiter arbeiten kannst. Wenn du zb. das ganze
so einstellst, dass alle 1ms ein Overflow auftritt, dann
zählst du ganz einfach im Overflow Interrupt eine globale
Variable hoch. Da der Overflow alle 1ms kommt ist also
genau dann, wenn dieser Zähler 1000 erreicht hat, 1
Sekunde vergangen.

POste docj mal dein Programm.
Dann können wir es durchgehen und dir den Fehler zeigen.
Dabei lernst du viel mehr als wenn du nur fertige
Programme auf den Controller brennst.

Aber was solls, hier ist ein Beispiel:

#include <avr/io.h>
#include <avr/interrupt.h>

volatile unsigned int Counter;

ISR( TIMER0_OVF_vect )       // alle 0.000128 Sekunden / 8 Mhz
{
  Counter++;

  if( Counter == 10000 ) {
    PORTB = ~PORTB;
    Counter = 0;
  }
}

int main()
{
  Counter = 0;

  DDRB = 0xFF;

  TCCR0 = ( 1 << CS02 ) | ( 1 << CS00 ); // Teiler: 1024
  TIMSK = ( 1 << TOIE0 );         // Overflow Interrupt einschalten
  sei();                          // Interrupt generell zulassen

  while( 1 )
    ;
}