Die Farben lassen sich einstellen, per default ist dieses Pink der
Bottom Solder oder KeepOut. Wie Peter schrieb einfach mal Shift-S in den
single Layer Mode wechseln und die Lagen durchgehen. Aber das Fill macht
auf beiden Lagen keinen Sinn.
Den minimalen Abstand zwischen den Pads oder besser gesagt generell
lässt sich in den Design Rules einstellen. In meinem Screenshot sieht
man, dass ich für den Footprint vom Mikrokontroller eine eigene Regel
erstellt habe - kann man, muß man aber nicht. Die Rules werden von oben
nach unten abgearbeitet trift eine zu werden die anderen Regeln nicht
mehr angewendet.
Zu der Bedeutung der Mech. Lagen, generell sind die universell aber die
IPC gibt einige Lagen vor (Fadenkreuz im Schwerpunkt, Äussere
Grenzlinie, 3D Outline,...). Daran sollte man sich halten, benutzt man
den IPC Bauteil Wizard hat der schon Lagen vordefiniert. Mach mal eine
neue PCBLib und erstell ein Bauteil mit dem Wizard dann siehst Du welche
Lagen benutzt werden. Ist aber auch ein wenig von der AD Version
abhängig in 17 und drunter waren die fix (in 18 ?) in 19 und drüber ist
die Bedeutung der Lagen einstellbar und wird von Programm beim Import
oder Erzeugen berücksichtigt.
PS: bevor Bauteile platziert werden sollte man im PCB mechanical layer
pairs anlegen. Z.B. liegt auf Mech13 die physikalische Aussenkante vom
Bauteil, Definierst Du ein Pair mit 14 wandern die Information von 13
nach 14, wenn Du das Bauteil auf den Bottom wechselst.