Cross Compiler: Debugging auf PI kann Dateien nicht öffnen

Moin,

ich verwende eclipse mit der gnu toolchain für raspberry pi, um unter 
Windows für eben diesen zu Programmieren.

Ich kann via ssh mein Programm hochladen und debuggen.

Hierbei ist jedoch ein Problem, dass scheinbar Dateipfade nicht stimmen. 
Es können zumindest keine Dateien geladen werden - z.B. ifstream oder 
fopen.

Führe ich das Programm anschließend im Terminal aus, werden diese ohne 
Probleme geöffnet.

Woran kann das liegen?