Eclipse AVR Build funktioniert nur teilweise

Hallo zusammen,

ich habe ein funktionierendes Projekt mit Atmel Studio 7, dass ich jetzt 
gerne mit Eclipse ausprobieren will.

Beim Projekt erstellen, compilieren und der Übertragung zum Controller 
kommen keine Fehlermeldungen.

Ich merke jetzt aber, dass der Controller nicht alles macht.
Die compilierten Daten mit Eclipse sind auch kleiner als die von Atmel 
Studio.

Kann hier einer weiterhelfen ?