Bestimmung der Periodendauer / Periodenzählung

Hallo!

Ich bekomme vom ADC meines Mega16 Messwerte. Im angehängten PDF sind sie 
einfach mal gegenüber der Messwertnummer aufgetragen. Das gezappel 
zwischen der grünen und der blauen Linie entspricht einer Periode.
Ich möchte gerne mit dem Mega16 "on the fly" Perioden zählen bzw. die 
Periodendauer bestimmen.

Hat jemand eine Idee, wie ich daran gehen könnte?
Ich nehme alles von "denk mal über x nach" über "such mal nach Literatur 
über y" bis zu fertigem Assembler Code ;-)

Viele Grüße
Sebastian