Bug im Atmega2560 Timer0 im CTC-Mode?

Ich benutze einen 2560, 16AU 16MHz (AVRStudio 4.13 mit GCC).
Mit Timer0 soll ein genauer 1s Takt generiert werden. Der folgende Code 
zeigt das Problem: der Befehl clearbit(TIFR0, OCF0A) sollte das Bit 
OCF0A löschen, tut er aber nicht. Der Zähler "timer" läuft dann viel zu 
schnell. Wenn ich dagegen das Bit setze, wird es gelöscht 
(auskommentierte Zeilen), und der Zähler läuft schön im 1s Takt.

Der Simulator zeigt genau das gleiche Verhalten. Deshalb: Verstehe ich 
etwas falsch?

include <avr\io.h>
//vereinfachtes Setzen eines Bits
#define setbit(ADRESSE,BIT) (ADRESSE |= (1<<BIT))
//vereinfachtes Loeschen eines Bits
#define clearbit(ADRESSE,BIT) (ADRESSE &= ~(1<<BIT))
//vereinfachtes Testen eines Bits
#define checkbit(ADRESSE,BIT) (ADRESSE & (1<<BIT))


// 1 second timer on PortC
// -------------------------------------------------------------------

int main(void)
{
  uint32_t timer = 0;
  uint16_t r = 0, o = 0;

  DDRC = 0xFF; // PORTC is output
  PORTC = 0x00;

  OCR0A = 250;          // 16000000Hz / (250*256) = 250Hz
  setbit(TCCR0B, CS02); //prescaler 256
  setbit(TCCR0A, WGM01); // set bit WGM01: CTC mode (2)

  while(1)
  {
    if(checkbit(TIFR0, OCF0A)) // returns a TRUE once every 4 ms
    {
      //setbit(TIFR0, OCF0A);
      clearbit(TIFR0, OCF0A);
      //setbit(TIFR0, OCF0A);
      timer += 4; // count milliseconds
    }

    // calculate the time in seconds...
    r = timer / 1000L;

    // ...and write this value to the LED strip
    if(r != o)  // new value in r?
    {
      o = r;     // memorize old value
      PORTC = 0x0FF & r;
    }
  }

  return 0; // never reached !!
}