RESET ATmega128

Hallo Leute,

kann mir vielleicht jemand sagen, ob es Unterschiede im Zustand des 
ATMEGA 128L nach einem PowerOn-RESET und einem „normalen“ externen RESET 
gibt?

Hintergrund ist folgendes Problem:

Auf einem besagtem µC läuft ein Bootloader, der nach Ablauf eines Timer 
in die Applikation springt. Das ganze funktioniert eigentlich 
hervorragend. Wird allerdings der µC über einen „normalen“ externen 
RESET zurückgesetzt, startet zwar der Bootloader, springt aber nach 
Ablauf des Timers nicht zur Applikation. Erst ein PowerOn-RESET hilft 
ihm wieder auf die Sprünge.

Hat jemand vielleicht eine Idee?

Grüße
Michael