Mit ISP programmieren bei Einsatz des Max232

Hi, bin ganz neu hier und gleich ein paar Probleme.

Vielleicht suche ich falsch aber ich hab noch nichts gefunden. Gibt es 
bei der Verwendung einses Max232 und die Nutzung beider Usarts beim 
Atmega128 die Möglichkeit ohne Jumper über ISP zu programmieren?
Der Max gibt bei keinem Dateneingang ja die 5 V auf den Programmierpin 
und deshalb scheitert es.

Habe aber noch ein anderes Problem. Ich nutzen einen PWM-Ausgang und 
einen Encoder an einem Gleichstrommotor. Immer wenn ich eine Zeit lang 
den Encoder angeschlossen habe, dann zerhaut es mit dem Controller. 
Macht sich dadurch bemerkbar, das der PWM- Ausgang nur noch einmal kurz 
ruckt und das wars dann. Auf Maximalwert geht es noch aber kein PWM 
mehr. Es scheint den Timer zu zerstören, jemand sowas schon einmal 
gehabt oder weiß was es sein kann?

Gruß
Andre