Flash Update mit AVR109/911 beim ATmega2560?

Guten Tag,

ich stehe vor einem Problem. Ich möchte gerne ein Szenendiagramm 
erstellen und dadurch das Flah Update bildlich darstellen (wie geht man 
Schritt für Schritt beim Flash Update vor, wo und wie stößt man das 
Programm an (main.c), inwieweit und wann wird serial.c durchlaufen, 
welche Firmwarebytes müssen gesetzt werden) etc.

Leider habe ich noch nicht viel Erfahrung mit Mikrocontroller. Ich habe 
auch keine Einführung zu diesem Problem gefunden.

Ich habe zwar die Application Note von Atmel und sonstige Unterlagen des 
Controllers, nur dort steht so viel drin. Das Selektieren fällt mir 
diesbezüglich sehr schwer.

Vielleicht kann mir jemand weiterhelfen?

Vielen Dank!

MfG
Kai